El código espagueti es una forma de refererirse a un archivo que no tiene separado bloques de codigo y tiene todo integrado en un solo archivo,
te pongo un ejemplo en desarrollo web, en el desarrollo web necesitas tener HTML,5 CSS3, JavaScript, PHP(si es que lo usas), SQL por poner un ejemplo y cada uno de esas lenguajes necesita estar estructurado en diferentes carpetas y archivos y ser mandados a llamar cuando se necesiten, sin embargo cuando tienes todo tu código en un solo archivo es decir que html tiene toda la logica php en ese archivo y tambien tienes los estilos css en ese mismo archivo ¡y ahora imagina; Tienes tambien las consultas SQL en ese mismo archivo! hasta el JavaScript usando el DOM (Document Object Model) en el mismo archivo, pues claro ¿como le vamos a llamar a todo ese revoltedero de código? pues Código espagueti entonces como buena practica siempre separa tu código en archivos y ordenalos en carpetas como deben ir o como tu área de programación te lo pide.
Asi que ya sabes para practicas haz todo tu revoltedero de código no importa pero desde ya comienza a implementar buenas practicas para que en un futuro tengas un código mejor estructurado.